《内经》原文中多次提出“肺主咳”，同时《素问· 咳论》中提出“五脏六腑皆令人咳，非独肺也”。由此结合临床确实可见咳嗽虽为肺脏受邪而作，但邪之来处非独于肺。

对咳嗽的病因分类目前多沿用《景岳全书·咳嗽篇》将咳嗽病因分为外感及内伤两部分，感受外邪以六淫为主，而风、寒、暑、湿、燥、火非独寒也，然临床常见风邪夹寒引动。内伤咳嗽源于脏腑功能失调，《医学三字经·咳嗽》指出：“咳嗽不止于肺，而亦不离于肺也。”肺脏或他脏的病变及肺均可引起咳嗽。如《素问病机气宜保命集》：“咳谓无痰而有声，肺气伤而不清也；嗽是无声而有痰，脾虚动而为痰也。咳嗽谓有痰而有声，盖因伤于肺气动于脾湿，咳而为嗽也。”就指出咳嗽与脾脏的关系密切，见于脾失运化痰浊内生上渍于肺。除此之外，尚有肝郁化火上逆犯肺作咳、肾虚气逆而作咳、心阳不振水汽凌心射肺而作咳。

从咳嗽发生发展演变过程来看，多表现为常人外邪袭肺而发新咳，如施治养护得当多数人易于康复。然过劳耗气之人、年老体虚之人则肺气耗伤尤甚，一旦感邪，气机紊乱，内生痰浊、水饮、瘀血等病理产物后更为影响肺气宣发肃降之责，所发咳嗽甚则气喘，经久难愈。即使是常人新感抵御外邪的过程亦是时时消耗正气的过程。

那么在咳嗽的诊治过程中，除了了解患者发病的外因以外，同样重要的是了解患者五脏与肺的虚实平衡关系。治疗的原则：宣肃肺气、调顺气机；时时顾护肺脾之气、祛邪外出；兼顾痰饮瘀血等病理产物。养治结合，即要祛邪治标，又要养护调畅五脏平衡以治本。

祛邪无外祛除六淫外邪、或内治痰饮瘀血以调畅肺气宣肃为目的。而养护除了药补食补以外，往往偏废忽略了休养二字。休、休息，养、养生，休养则减少正气亏耗，使得正气存于内，方可抵御邪气。正所谓“正气存内、邪不可干”。