孙氏认为，治病必求其本为中医基本治则。本病的治疗，亦不离其外。首先，应针对患者症状的寒热虚实，虚者治以补益肝肾，实者化痰除湿、疏肝解郁，寒者暖宫散寒。并适当结合通调冲任、调补气血、填补奇经等法。俾冲任气血通调，胞脉畅通无阻，月事按期来潮，自能摄精成孕。此外，在生活上尚须保持情志舒畅，做到房室有节和劳逸、营养相配合。在治疗方面，有以下经验体会：

（1）肝肾不足子脏虚寒者，可酌选温肾丸、右归丸、艾附暖宫丸。如肾气肾精不足，命火尚未大衰，可用大补元煎加鹿角胶、紫河车。如系肾阳虚衰，应根据“善补阳者，必于阴中求阳，则阳得阴助而生化无穷”的原则，除用肉桂、附子等温阳药外，尚须用熟地、山萸等补肾阴药，桂附八味丸组方即据此意。对于肾精不足者，除用补肾阴药（如熟地、山萸、枸杞、何首乌）外，还应用血肉有情之品，如紫河车、龟板胶、阿胶之类药物，此即所谓“精不足者补之以味” 。

（2）肝郁气滞者，其肝郁症表现明显，月经延后的，可用逍遥散加郁金、枳壳、香附、路路通。经前腹痛明显者，再加金铃子散。

（3）肾为先天之本，冲任之根，痰湿阻滞的，一般应加适当补肾药。见有肾虚表现，如腰酸，溲多性欲减退者，尤应注意补肾温阳，俾肾阳得壮，气化有权，湿亦自化。如见白带多，则可酌加健脾化湿固任理带药。

（4）本病患者如兼见畏寒肢冷，小腹冷感等症，可按所属证型酌加暖胞宫温冲任药，如艾叶、附子、蛇床子、小茴香、鹿茸、川椒、吴萸等。

（5）应掌握排卵期，孙氏强调排卵期前夫妇并治，男方可服壮阳填精药物，《女科正宗·广嗣总论》指出：“男精壮而女经调，有子之道也。”